「つみたてNISA 源泉徴収 どちら？」という検索で弊ブログが引っかかっていたので、ここではそれに回答してみたいと思います。ただ、最初に肝になるところを述べておくと、「つみたてNISA」自体には源泉徴収ありもなしも関係ないのです。
つみたてNISAを使って得た利益は全て非課税なので、納税は不要なんです。
なので、正しい質問は「「つみたてNISA」を始めるとき、課税口座（特定口座）の源泉徴収はどうするか」というのが正解です。ここを考えるポイントは、あなたが「つみたてNISA」を含む、資産運用全体（と証券口座の使い方）をどうしたいか、にかかっています。
以下、源泉徴収のほか、主に税金や控除、年末調整などの手続き面とつみたてNISAの関係についてみていきましょう！
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おさらい：そもそも「源泉徴収」とは
証券税制における源泉徴収とは、あなたが投資で利益を得た際に、支払うべき税金を証券会社が自動的に天引きする（源泉徴収してもらう）ことです。あなたが証券口座開設の際に「特定口座」を選ぶと、源泉徴収あり・なしを選ぶことになります。
特定口座と一般口座、つみたてNISAとの関係は以下の記事をご覧になってください。
ここでは、特定口座を選ぶものとして話を進めます。
源泉徴収のメリット・デメリット
メリット：手間が省けて、投資が楽になる
これはそれぞれ以下のような特徴を持っています。
★源泉徴収あり・なしの違い
- 特定口座・源泉徴収なし：税金の計算は証券会社が行うが、納税はあなたが行う
- 特定口座・源泉徴収あり：税金の計算も納税もすべて証券会社が行う
要するに源泉徴収ありを選ぶと楽ちんなんです。
デメリット：少額の利益も自動的に納税することになる
一方、源泉徴収ありを選択すると、投資で得た利益からは自動的に納税が行われるために、本来は払わなくても見逃される税金まで支払ってしまう場合があります。
よくある事例がサラリーマンの「20万円（2018年度時点）」の壁です。
現在の税制では、「1か所から給与の支払を受けている人で、給与所得及び退職所得以外の所得の金額の合計額が20万円未満の人」は確定申告の必要がありません（会社が年末調整を行っていない場合には例外あり）。
給与所得の収入金額から、雑損控除、医療費控除、寄附金控除、基礎控除以外の各所得控除の合計額を差し引いた金額が150万円以下で、給与所得及び退職所得以外の所得の金額の合計額が20万円以下の人は、申告の必要はありません。
出典：給与所得者で確定申告が必要な人 | 国税庁
例えば、あなたが投資で18万円の利益を得たとしても、確定申告しなければ、18万円に発生する税金（約3.7万円）は支払う必要がありません。つまり、年間利益が数万円しか見込めないような少額投資なら、源泉徴収なしを選ぶのも1つの手なのです。
「つみたてNISA」と源泉徴収の関係
さて、本題。「つみたてNISA」とは、投資信託の積立投資で得た利益を非課税にしますよ、といった制度です。そのため、「つみたてNISA」でいくら儲けようが、そもそもその儲けには一切税金が発生しません。
何度でも書きましょうか？
「つみたてNISA」を使ってあなたがいくら儲けようが、税金を払う必要がないんです。
たとえ、800万円満額積み立てて、500万円の利益を得たとしても、です。仕組み的には「その投資はそもそも無かったもの」として扱われているようです。
実は源泉徴収あり・なしとつみたてNISAは関係がない
以上のように、そもそも納税の必要がない制度なのですから、「つみたてNISA」の源泉徴収あり・なしは選択できません。
あなたが証券口座開設時に「源泉徴収あり・なし」を選択しているならば、それは特定口座（課税口座）の話であり、「つみたてNISA」の話ではないのです。
ので、ここでの正しい質問は「「つみたてNISA」を始めるとき、課税口座の源泉徴収はどうするか」というのが正解なんです。
「つみたてNISA」は税金を払う必要がない。
ただ、これのみです。
「つみたてNISA」を始めるときのおすすめは「源泉徴収あり」
正直、どちらでも良いと思いますが、「源泉徴収あり」にしておくことをお勧めします。
理由：投資に興味をもつと、20万円以上の利益も
最初は「つみたてNISA」にコツコツ投資だったとしても、そのうち「もっと投資したい」と興味がわく方も必ずいらっしゃいます。配当金や株主優待など、投資には様々な魅力があるからです。
その場合に、100万円か200万円といった金額の運用でも、年間で20万円以上の利益が出る場合もあります（相場次第です）。
年間20万円以上儲かっているのに、源泉徴収なしのまま運用し続けていると、脱税を疑われる可能性があります。もちろん運用途中に源泉徴収なしからありに変更することもできますが、忙しくて忘れてしまう可能性もありますよね。
それなら、最初から源泉徴収ありで良いのでは？という話です。
理由：「源泉徴収あり」にすると会社バレを防げる
源泉徴収ありにした場合には、発生した税金はすべて投資の口座から出ていきますので、会社側の税金計算になんらかの問題が生じることはありません。
一方、源泉徴収なしできちんと確定申告したとしても、そこにはある問題が待ち受けているかもしれません。
それは「あなたが勤務する会社の投資や副業に対する理解」です。
投資で得た利益を確定申告した場合（源泉徴収なしの場合）に、所得税はその場で支払うことになる一方、住民税は翌年度の会社給与から天引きされるのが一般的です。そのため、会社側が計算する住民税の支払い額と実際の支払い額にズレが生じてしまい、「計算が合わないけど何かやってる？」という話になる可能性があります。
投資に理解のある会社なら良いのですが、投資も副業も絶対ダメ、みたいな会社だと、有無を言わせずに怒られる可能性もあります。
あなたの上司の顔を思い浮かべてみてください。
なんて言いそうです？
一方、源泉徴収ありにした場合には、発生した税金はすべて投資の口座から出ていきますので、会社側の税金計算にずれが生じることはありません。
面倒を防ぎたいなら、源泉徴収ありのほうが簡単なんです。
よくある質問
つみたてNISAに年末調整は必要ですか
不要です、というか、そもそも年末調整できません（年末調整する制度ではないので）。つみたてNISAはiDeCoと異なり、税金が免除になるのは、運用して得た利益に発生する税金のみで、掛け金そのものは所得控除になりません。
そのため、つみたてNISAを始めることで、年末調整など、税金計算のために何か会社に書類を提出することは一切ありません。
「投資の書類だして、上司に何か言われたらやだなー」って心配ですか？
つみたてNISAには一切不要ですよ！
そもそも、年末調整用のハガキは届きませんから！
つみたてNISAで扶養控除（や他の所得控除）が無くなることはありますか
納税者に所得税法上の控除対象扶養親族となる人がいる場合には、一定の金額の所得控除が受けられます。これを扶養控除といいます。
出典：扶養控除 | 国税庁
つみたてNISAを始めることで、扶養控除が使えなくなったり、控除額が増減したりすることはありません。その他、配偶者控除や社会保険料控除などとも、つみたてNISAは一切関係しません。
今日、あなたがつみたてNISAを始めても、これら控除額は今までどおり、ということですね。
つみたてNISAで買った商品を売却し、利益を確定したとしても、各種所得控除には一切影響しませんよ！
つみたてNISAの掛け金は所得控除になりますか
いいえ、つみたてNISAの掛け金は所得控除になりません。掛け金が控除されるのはiDeCoです。
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まとめ
- 「つみたてNISA」には源泉徴収ありもなしも関係ない。「つみたてNISA」で得た利益には税金が一切発生しない
- 源泉徴収ありかなしかを選ぶのは特定口座（課税口座）のこと。「つみたてNISA」のみで運用するなら、どちらでも良い
- 投資に興味を持つと「つみたてNISA」以外での運用を始めたくなるかも。その場合には源泉徴収ありのほうが安心
ちなみに筆者が知人に聞かれた場合には、「特定口座・源泉徴収あり」を選ぶように勧めています。
上述のように、少額の利益も自動的に納税することになるのですが、それ以上に納税漏れとか、会社にとやかく言われたりみたいなリスクがなくなるので。